Ingénieur·e en Phénotypage Haut Débit pour l'Analyse Automatisée de Symptômes de Maladies sur Vigne H/F - 68

L'UMR 1131 » Santé de la Vigne et Qualité du Vin » (SVQV) a pour mission de développer des recherches et des expérimentations afin de répondre à des enjeux d'une viticulture qualitative, à bas intrants et résiliente face au réchauffement climatique. Dans l'UMR, l'équipe Génétique et Amélioration de la Vigne (GAV) conduit à des recherches visant à identifier des déterminants génétiques liés à ses principaux pathogènes fongiques et d'adaptation au réchauffement climatique. L'équipe Génomique et Métabolisme de la Vigne (GMV) vise, entre autres, à identifier les métabolites induits par la vigne en réponse à ses bioagresseurs, mais aussi à développer des biomarqueurs spécifiques de pathogènes d'origine fongique.
La Plateforme d'imagerie de l'IBMP (CNRS UPR2357) soutient la recherche en fournissant aux équipes des outils avancés de microscopie et d'analyse d'images. Elle met à disposition un large éventail de technologies, incluant la microscopie optique, confocale, électronique et 3D, adaptées à la biologie végétale mais aussi à d'autres domaines. La plateforme assure la formation des utilisateurs afin de garantir une utilisation autonome et rigoureuse des appareils. Elle accompagne les projets scientifiques via du conseil, de l'assistance technique et le développement de nouvelles méthodologies d'imagerie. Elle propose également des prestations de service et accueille des collaborations avec des équipes internes et externes (...)Emploi ouvert aux agents contractuels uniquement

CDD de projet 1 an, à pourvoir à compter du 01/02/2026

Catégorie : A Corps : Ingénieur de recherche

Rémunération selon grille de la Fonction Publique

Missions :

Le projet «LEVIERS» (2025-2030) vise à produire de la connaissance sur les différentes alternatives aux produits phytosanitaires de la filière viticole et ainsi à répondre à l'obligation gouvernementale de réduction de l'usage des pesticides (Stratégie Ecophyto 2030). L'amélioration variétale, à travers l'optimisation de la durabilité de la résistance de variétés de vigne et la combinaison de nouveaux gènes de résistance est un de ces leviers. Dans ce contexte, la plateforme INRAE dénommée VEGOIA, est une structure dédiée à l'activité de phénotypage de la vigne pour l'étude des interactions biotiques en vue d'identifier de nouveaux gènes de résistance.

Le projet «TAGES» présenté au Pôle Universitaire d'Innovation d'Alsace (PUI-A) CoRTecS vague 2 s'inscrit dans des actions du projet Leviers. Il vise à automatiser le phénotypage de l'interaction entre la vigne et le mildiou, une maladie foliaire. Les étapes de la prise d'image et de l'analyse des symptômes de mildiou présents à la surface de disques foliaires de vigne seront automatisés. La mission se décline en 2 parties: 1) conception d'un appareil pour la prise de vue automatique des disques foliaires, 2) développement d'un outil d'analyse d'image des symptômes présents à la surface de ces disques, par l'intelligence artificielle.

Activités principales:

1. Participer à la conception d'expérimentations destinées à générer des images présentant des niveaux d'infection variables au mildiou.

2. Convertir une imprimante 3D en un macroscope motorisé à bas coût. Cet outil devra détecter et identifier des disques foliaires et acquérir leurs images à haut débit (vitesse) tout en certifiant leur traçabilité et en utilisant des logiciels libres.

3. Encadrer l'acquisition de données, réaliser leur traitement et assurer leur sécurisation et leur accès afin de créer des jeux de données.

4. Implémenter un outil informatique basé sur l'IA afin d'évaluer automatiquement les symptômes de mildiou présents à la surface des disques foliaires. La vérité terrain pour entraîner le réseau de neurones sera basée sur la quantification de biomarqueurs spécifiques lié à cet agent pathogène. Ce type de données issues d'un spectromètre de masse, seront quantitatives et permettront d'estimer avec précision la biomasse du pathogène.

5. La partie 2 sera réalisée en collaboration avec l'équipe de la plateforme imagerie de l'IBMP de Strasbourg. Les parties 1, 3 et 4 seront réalisées à l'INRAE de Grand Est-Colmar et se feront en collaboration avec les équipes de Génétique et Amélioration de la vigne (GAV) et de Génomique et Métabolisme de la Vigne (GMV) mais aussi avec le laboratoire LARIS et l'équipe ImHorPhen de l'IRHS d'Angers.